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基因突變文庫 | 正確率最高可達90%以上
發(fā)布時間:2024-04-26

“進化是生命的標(biāo)志”——由基因突變和自然環(huán)境選擇共同編織的漫長史詩。當(dāng)今的生命科學(xué)領(lǐng)域,我們正嘗試通過定向進化,來模仿并加速這一過程。

那么,如何加速這一進化過程?答案就藏在基因突變文庫中。



定點飽和突變文庫

Trimer組合突變文庫

定點飽和突變文庫采用特定簡并引物(如NNK)引入突變,產(chǎn)生32種不同的密碼子,包括氨基酸、終止密碼子和同義密碼子。盡管存在氨基酸比例分布不均的情況,但這種篩選方式能快速、低成本地獲得高度多樣的突變體,有助于蛋白質(zhì)改造和研究蛋白結(jié)構(gòu)與功能之間的關(guān)系。


Trimer組合突變文庫以氨基酸作為一個單元進行突變,以擴大突變范圍。通過針對序列進行設(shè)計,可以靈活指定氨基酸的種類和比例,避免不必要的同義密碼子和氨基酸,解決了密碼子偏移、移碼突變和控制終止密碼子摻入等問題,同時顯著提高了文庫的均一性、覆蓋性和多樣性。

定點飽和突變文庫(Site-Saturation Mutagenesis Library)和Trimer組合突變文庫(Combinatorial Mutagenesis Library)是兩種各具特色的工具。前者實現(xiàn)單點氨基酸的精確突變,后者實現(xiàn)多點多種氨基酸的精確突變。它們?nèi)缤M化的加速器,讓我們能夠更精準(zhǔn)、更高效地探索生命的奧秘。




定制化突變文庫的應(yīng)用

蛋白定向進化

  • 蛋白質(zhì)工程:通過精確調(diào)控目標(biāo)蛋白關(guān)鍵氨基酸的突變,構(gòu)建具有特定功能或性質(zhì)的蛋白質(zhì)變體,調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)活性、穩(wěn)定性和親和性,以適應(yīng)不同應(yīng)用場景需求。

  • 新功能發(fā)現(xiàn):引入多樣氨基酸變異以發(fā)現(xiàn)新蛋白功能,如催化新反應(yīng)、結(jié)合新配體等,促進蛋白功能性篩選和進化。

  • 抗藥性研究:模擬藥物壓力可篩選對抗藥物具耐受性的突變體,揭示藥物抗性機制,為優(yōu)化藥物治療提供指導(dǎo)。

抗體開發(fā)

  • 增強親和力:引入特定氨基酸變異可改變抗體與靶標(biāo)分子結(jié)合親和力,提高治療效果和選擇性。

  • 改善穩(wěn)定性:調(diào)整抗體結(jié)構(gòu)可增強體內(nèi)穩(wěn)定性和半衰期,延長藥效持續(xù)時間、減少劑量頻率,提高患者治療便利性。

  • 降低免疫原性:避免或減少抗體與人類免疫系統(tǒng)相抗原的位點,降低免疫原性和產(chǎn)生不良反應(yīng)風(fēng)險,使抗體更適合臨床治療。

藥物靶點篩選

  • 靶點發(fā)現(xiàn):精準(zhǔn)控制和定向突變已知靶點特定區(qū)域,產(chǎn)生具有新結(jié)構(gòu)和功能特性的變體,為新藥物靶點發(fā)現(xiàn)提供工具和平臺。

  • 靶點驗證:整突變體中各氨基酸比例和組合,覆蓋和測試多種功能性質(zhì),全面評估不同突變體的活性、親和性、穩(wěn)定性等重要性質(zhì)。

  • 藥物篩選:高通量篩選大量不同序列蛋白質(zhì)變體,找到與特定藥物高親和力的靶點,加速藥物篩選,提高藥物發(fā)現(xiàn)效率。



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案例展示

讓定制高度自由!


等比例分布的飽和突變文庫




自定義氨基酸的種類和比例的Trimer文庫


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References

[1] Prassler, Josef, et al. "HuCAL PLATINUM, a synthetic Fab library optimized for sequence diversity and superior performance in mammalian expression systems." Journal of molecular biology 413.1 (2011): 261-278.

[2] Chembath, Anupama, et al. "Nondegenerate Saturation Mutagenesis: Library Construction and Analysis via MAX and ProxiMAX Randomization." Directed Evolution: Methods and Protocols. New York, NY: Springer US, 2022. 19-41.

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